医药工业洁净厂房的设计规范需要考虑人员、物料净化用室的房间及走向，为施工安装、系统设施验证、维护管理、检修测试和安全运行创造的必要条件，满足药品生产工艺的要求、满足空气洁净度级别的两大要求。
在洁净厂房平面布置中，首先应考虑防止人流与物流之间的交叉污染，应做到人、物流通道设计时，分别设置人员和物料进出生产区域，工艺要合理布局，避免人、物交叉重叠。厂房内物料传递路线越短越好。
由于建有洁净厂房的企业大多数都生产高科技产品，对其生产工艺有特殊要求，很多洁净厂房要求很高的密闭性能，密闭空间一旦发生火灾，热量难于散发，产生大量烟气，给人员疏散造成较大困难。所以在对医药工业洁净厂房进行设计时，应合理布置安全疏散出口和疏散路线。详细规范见《洁净厂房设计规范》。
医用工业洁净厂房设计要点还包括合理划分空调系统、装修设计和用料、常用的监测设备等方面，在此就不深入介绍，需要根据各企业实际需求隔离规划。
